Gminy wyznaniowe są częścią struktury organizacyjnej Muzułmańskiego Związku Religijnego. Każda gmina ma swoją siedzibę i podlega jej określone terytorium. Gminy organizują życie religijne swoich członków. Gmina posiada osobowość prawną. W Muzułmańskim Związku Religijnym istnieją następujące gminy:

- Gmina Białystok - 15-490 Białystok, ul. Nowogródzka 2a/36, tel. 85 675 43 41:
Gmina Białystok zarejestrowana została w 1960 roku. Gmina posiada dom modlitw i Centrum Kultury Islamu w trakcie budowy.

- Gmina Bohoniki - 16-310 Sztabin, ul. Polna 24, tel. 87 641 20 85:
Wieś Bohoniki (obecnie w województwie podlaskim) nadana została w 1679 roku, przez Jana III Sobieskiego oddziałom tatarskim rotmistrzów Gazy Sieleckiego i Bohdana Kieńskiego, w zamian za zaległy żołd. To ci pierwsi osadnicy założyli tutaj gminę wyznaniową. Obecnie gmina posiada zabytkowy meczet drewniany, dwa cmentarze (w tym jeden czynny) i dom funduszowy.

- Gmina Bydgoszcz - 85-141 Bydgoszcz, ul. Emilianowska 5, tel. 523 711 207.

- Gmina Gdańsk - 80-347 Gdańsk, ul. Orłowska 1/2, tel. 608 637 766.

- Gmina Gorzów Wielkopolski -

- Gmina Kruszyniany - 15-054 Białystok, ul. Mieszka I 11/64:
Wieś Kruszyniany (obecnie w województwie podlaskim) nadana została w 1679 roku, przez Jana III Sobieskiego oddziałom tatarskim pułkownika Samuela Krzeczowskigo, w zamian za zaległy żołd. Gmina wyznaniowa w Kruszynianach istnieje najprawdopodobniej od drugiej połowy XVIII wieku. Obecnie gmina posiada meczet drewniany, cmentarz, dom funduszowy, działka (tzw. ziemia wakufowa) 35,89 ha.

- Gmina Poznań - ul. Sochaczewska 14/2, 60-645 Poznań, e-mial: benamer@wp.pl

- Gmina Warszawa - 02-952 Warszawa, ul.Wiertnicza 103, tel./fax:022 842 91 74, e-mail: mzr.warszawa@wp.pl, www.e-islam.pl. Obecnie Gmina posiada Meczet Icentrum Kultury Islamu przy ul. Wiertniczej 103 oraz dwa cementarze.

- Gmina Warszawa - Fatih - 02-495 Warszawa, ul. Bodycha 41, tel. 22 723 03 81.